1.污染环境。据计算，大量使用的农药，大约只有0.1%作用于有害生物，其余99.9%或附着在农作物上，或散布到土壤里，或飘散在大气中，或通过降雨等从地表径流进入地表水和地下水，污染水体、土壤和整个生态系统。有些农药可通过食物链的富集作用而逐级浓缩达到很高浓度。我国20%的耕地受到污染，80%淡水水体的水质超标，50%的地下水被污染，40%饮用水的水源不合格，而大气质量完全符合世界卫生组织标准的城市只有1%；在污染源中，70%为化学物质；而在对人畜影响最大的12种有机污染物中，农药占8种，即农药占污染源的一半以上。

    2.误伤非靶动物。在自然界中，人类视为有害的动物只占很少部分，多数无害，另有少数有益。目前所用的农药，多数特异性差，杀伤谱广，以致在杀伤有害生物的同时或以后，殃及许多无害甚至有益生物，包括有害生物的天敌。生态系统中许多物种的种群密度在短时间内反常下降，破坏了原有平衡。原有的有害生物天敌由于食物骤减而相应减少，控制有害生物的作用下降，导致有害生物数量的反弹。

    3.有害生物抗药性严重。自1908年首次发同农业害早对石硫合剂产生抗药性后，随着农药品种和用量的增加，有害生物的抗药性日益严重。据统计，全球已产生抗药性的害虫，1970年为224种，1976年为364种，1978年达414种，1980年为428种，至1989年已达504种；估计目前已超过600种。我国从1980年应用防治家蝇，5年后，个别地方家蝇的抗药强度已在万倍以上。抗药性的产生和加强，不仅影响防治效果，被迫提高使用浓度，增加了成本，对非靶动物的伤害和环境的污染也相应加重。