据各种报道，人们怀疑臭虫可传播的疾病达40多种，这些病原体包括病毒、立克次体、螺旋体、细菌、原虫和蠕虫，并且还怀疑臭虫叮咬会导致维生素和铁质缺乏、过敏和致癌。

在自然界曾在臭虫体内分离到的可致病的病原体有：可致流行性斑疹伤寒的普氏立克次体，可致Q热的伯氏立克次体，可致布鲁菌病的地中海布鲁杆菌，可致南美锥虫病的克氏锥虫以及斑氏丝虫和马来丝虫。我国在南京市和四川普格县的居民床上捕获的臭虫体内检出乙肝表面抗原。在实验室曾观察到温带臭虫感染鼠疫杆菌可在其肠内存活10～83d,回归热螺旋体存活1～200d,感染溶血性链球菌14～15d后可传染给小白鼠、豚鼠和家兔。土拉伦斯菌被臭虫吸入后15h能再传给健康动物，并能在虫体内保存毒力达250d。臭虫叮咬麻风结节附近的皮肤后，抗酸性分支杆菌可在臭虫消化道内存活16d。利什曼原虫在臭虫肠道内可存活35d,普氏立克次体可存活30d，天花病毒能在臭虫体内繁殖并传染给家兔。

臭虫对人类最普遍最明显的危害是吸血骚扰。多数人被臭虫叮咬后瘙痒难忍，有的还发生荨麻疹，红肿数日不退。另外，印度还有报道臭虫的严重侵害会引起缺铁性贫血。除此之外还有报道认为臭虫的粪便可能引起哮喘。我国经调查，室内家具染虫程度均以床铺为最严重。值得注意的是，由于我国人民生活水平提高、住房条件改善，以及对臭虫有物资的药物的应用，在我国臭虫的危害一度已被控制在极低水平，但是近年来又有复燃的趋势。